原因及答案
小书匠是个本地优先，去中心化，支持自定义同步的笔记知识管理系统，对于数据添加，修改都有一套不同的逻辑，特别是对文章的删除都比较谨慎，所以操作步骤比较麻烦些．
小书匠的数据存储与 git 版本管理软件类似，提供了版本管理，一般删除只是逻辑删除，想要真正删除，需要在回站里清空数据后，再到数据管理里，压缩下数据，才能真正物理删除．
小书匠存储机制
小书匠为了实现版本管理和自定义同步功能，采用了与 Git 类似的存储机制．同时为了减轻普通用户操作 Git 难度，针对文章管理方面，做了一些调整，提高用户的使用体验．
了解一下小书匠的存储机制，有利于想要更深入使用小书匠的功能，比如自定义数据同步．
Git 是一个分布式版本控制系统，用于跟踪和管理文件的变化。它最初由 Linus Torvalds 在 2005 年为 Linux 内核开发而设计。Git 的主要功能包括：
- 版本控制：记录文件的历史变更，可以回退到任意历史版本。
- 协作开发：多人可以同时在同一个项目上工作，并通过合并（merge）来整合更改。
- 分支管理：支持创建分支（branch），便于并行开发和实验性功能开发。
- 分布式：每个开发者都有完整的仓库副本，不依赖中央服务器。
Git 的核心是一个内容寻址文件系统，所有文件的历史版本都被存储在
.git/objects目录中（称为“对象数据库”）。即使你删除了工作目录中的文件，Git 仍然保留这些文件的历史版本，以便你可以回退到之前的提交。
文章"删除"的不同阶段
删除文章
用户通过文章列表删除小书匠文章时，默认是放到回收站，这时候，文章并没有真正删除，只是添加了一个标识，表明该文章放到了回收站里．其他文章对该文章的引用，依然有效．如果您配置了自定义数据同步功能，该被删除的文章正文内容还是会同步到其他服务器上．
这时候文章的删除，对普通用户来说，只是逻辑删除，用户还可以到回收站里，取消删除，来达到还原被删除的文章
清空回收站
在回收站，把文章清空后，对普通用户来说，这是物理删除，但对小书匠应用来说，还是逻辑删除,普通用户在这台电脑上已经没办法恢复清空的文章了，但小书匠为了实现版本管理，数据同步功能，在真正的底层存储里，还会保留这些数据，直到用户执行数据库压缩功能．
压缩数据库
当执行数据库压缩时，小书匠会把用户物理删除的数据，在存储层面进行删除,类似于 Git 命令里的 git gc, 清理未被引用的对象,及不需要的历史记录．